Los jugadores de Pokémon Edición Negra y Blanca podrán intercambiar sus pokémon de ediciones anteriores entre consolas usando la función Pokéshifter.
En la región de Isshu, donde se ambienta el juego, los entrenadores podrán encontrar un edificio que permitirá intercambiar a los pokémon de anteriores entregas de la serie, pero será necesario el uso de dos consolas, ya que se realiza íntegramente en modo de red local o LAN.
Una vez ambas consolas estén emparejadas, los usuarios podrán realizar la transferencia de criaturas, aunque para capturarlos definitivamente los jugadores tendrán que superar un minijuego en el que se les invita a capturar a pequeños bichos cuando asoman tras unos arbustos en la pantalla superior de la consola. Para capturarlos, se usa la pantalla táctil, sobre la que movemos una retícula para apuntarles y dispararles una Pokéball.